애니매트릭스란 2003년 매트릭스의 세계관과 아이디어를 기반으로 여러 작가들이 만든 총7가지의 단편애니모음집으로 몇몇단편은 본편과 연결되지만 대부분은 매트릭스의 몇몇특징을 가지고 자기만의 방식으로 녹여낸 매우 실험적인 작품들이다.

1.오시리스호 최후의 비행

7가지의 단편중 유일한 3d애니이며 시대를 감안하면 상당히 높은수준의 퀄리티를 보여준다. 제로원의 기계들이 시온을 침공하는걸 알게된 나이오비의 친구이자 오시리즈호의 선장인 테디우스는 그들의 침공계획을 알리기 위해 시온으로 돌아가려하지만 기계들의 추격에 시온까지 도달할수 없을거라 생각하여,부하인 주에를 매트릭스 속으로 보내어 침공사실을 전하고자 한다. 결국 기계에 의해 오시리스의 승무원들은 사망하지만 그들이 보낸 정보는 나이오비의 로고스호의 선원들이 찾아낸다. 이후 스토리는 게임 엔터더매트릭스로 이어지기 때문에 본편에 포함된다.

2.두번째 르네상스

1편에서 모피어스가 잠시 설명한 기계와 인간의 전쟁에 대해 다루며, 단편애니중 가장 거대한 규모를 가지고 있으며 가장 잔인하다. 기계를 기반으로 풍족한 생활을 누리던 인류는 부당하다고 느끼던 기계들이 제로원이라는 국가를 건설하고 그들의 기술력으로  세계경제를 기계주도하에 놓치만 이에 분개한 인류가 기계들을 공격하며 전쟁이 일어나고,태양광 에너지를 없애기위해 태양까지 가리는 악수를 두지만 결국 패배하고 대부분의 인간들이 기계를 위한 베터리가 되어버리는 과정을 다루었다. 본편에 포함되기는 하지만 따로노는 내용이 많고 단편의 한계상 기시적으로 보여주기만 해서 심도높은 설득력을 가졌다기 보다는 그냥 기계는 착했는데 인류가 너무 나빴다.  정도로만 설명했다.

3.소년의 이야기

2편에서 나온 네오를 열혈한 추종자 '포머'가 매트릭스에서 지내던 시절부터 네오를 찾게되고 매트릭스의 세계를 탈출하는 내용을 다룬다. 스케이트보드타기를 좋아하는 포머는 이전부터 네오라는 존재가 궁금했고 그를 찾아다니며 요원들에게 추적까지 당하게 되지만 이런 상황이 현실이 아닐거라고 믿으며 당당히 투신자살을 하며 자신의 힘으로 매트릭스에서 벗어나고 현실세계에서 네오와 만나게된다. 네오가 모피어스를 만나는 내용을 살짝 바꾼형식으로 차이라면 포머는 직접나왔고 네오는 모피어스가 꺼내주었다는 차이점을 가지고 있다.

4.한계를 돌파하다

육상선수 덴 바이스가 항상 자신을 한계까지 몰아세우며 최고가 되고 싶어하며 도전을 하는 내용을 다루었다.

덴은 세계신기록을 앞두고 있었으나 주변에서 더이상 달리게 되면 몸이 망가져서 더이상 달리기는 커녕 걷지도 못할거라며 만류했으나 이내 트렉에 서게되고 그의 혈관이 터지고 근육이 터지는 순간에서도 달리기를 멈추지 않았고 그가 어떠한 경계를 초월하는 모습을 보이자 트랙에서 달리던 선수들이 요원으로 변하며 그를 저지하나 이윽고 세계신기록을 돌파하고 그는 잠시 현실세계를 보게되나 바로 요원들에 의해 교정된다. 이후 그 댓가로 더이상 달리지 못하게 되고 병원신세를 지며 요원들은 더이상 그가 자신을 몰아세우는 행위는 하지 않을거라며 돌아가는 순간 갑자기 휠체어에서 일어나며 서서히 달리기 시작하다. 매트릭스속에서 인간 본연이 가지고 있는 도전욕구를 가장 잘 드러내는 작품이다.

5.허가속의 선택 

반란군의 일원인 시스와 제롬의 훈련장면을 보여주는 애니로 가장 훌룡한 연출력을 가진 단편으로 또한 가장 이질적인 분위기를 가지고 있기도 하다.

제롬은 훈련도중 시스에게 시온은 얼마안가 멸망할것이고 난 그렇게 되지 않을 거라며 시스에게 자신과 함께 기계에게 투항하면 다시 매트릭스의 세계로 돌아가자고 하였다. 시스가 반대하자 제롬은 훈련이 아닌것처럼 시스를 공격하고 시스는 건스트럭트 프로그램에서 탈출하려 하나 오퍼레이터와의 통신을 끊어놔서 탈출할수 없었고 그대로 제롬에게 당할뻔하나 기지를 발휘해 부러진 칼날로 제롬을 쓰러트린다. 여기서 시스가 제롬을 매우 아끼는 모습을 보이나. 사실 이 모든건 시스의 의지를 시험하기 위한 테스트였음이 드러나고 빈정상한 시스는 방으로 돌아간다. 압도적인 퀄리티에 비례하게 내용은 다소 허무하다.

6.탐정의 이야기

사설 탐정인 잭키가 어떤 기관으로부터 트리니티라는 자를 찾아달라는 편지와 거금을 보내자 잭키가 그를 찾기로 하고 그가 한 기차속에서 트리니티를 발견한다. 그러나 본능적으로 트리니티가 나쁜사람이 아니라는걸 알자 반대로 그를 보호하며 요원들과 맞서게 되나 요원들에게는 어림없었고 기차의 핀을 뽑아 트리니티에게 시간을 벌어주고 트리니티를 찾던중 네오에 대한걸 알았다며 그의 정보도 흘려준다 트리니티는 잭키에게 고마움을 느끼며 자기와 함께 가면 진실을 보여주겠다고 했지만 잭키는 자기는 너무 구식이라서 가기도 전에 죽을거라는 말을 남기고 트리니티를 보내다가 요원들에게 사망한다. 

7.제3의 길

단편들중 가장 난해하고 어려운 내용을 담은 내용으로 인간들중 몇명은 기계를 회유하여 자신의 편으로 끌어들이고자 한다. 그러기 위해 포획한 로봇이 인간의 다양한 감정과 현상들을 보며 변화한다는 내용을 다루었는데 마지막은 로봇이 선택을 하기 직전에 끝이나며 기계가 바라보는 인간의 모습을 담은 참신한 시도가 돋보이기는 하지만 단편의 한계상 급전개와 이해하기 어려운 진행때문에 내용보다는 연출과 서스펜스에 집중했다고 보면된다.