나이오비가 선장인 로고스호의 오퍼레이터 스파크와 부관 고스트는 매트릭스가 평소와 다르게 움직이고 있다는걸 알게된다 게다가 접선장소에서 만나게 된 오시리스호의 테디우스는 커녕 오시리스조차 보이지 않아 시작부터 불안한 모습을 보였다. 

나이오비는 테디우스와의 마지막 통화에서 그가 어떤 중요한 정보가 담신 디스크를 매트릭스속 우체국에 보냈음을 알고 고스트와 함께 그 디스크를 가져오기로 한다

그렇게 지원도 없이 고스트와 나이오비가 매트릭스속으로 들어가 테디우스가 남긴 디스크를 찾아오기로 하고 스파크가 이들을 지원한다

생각이상으로 거대한 우체국속을 해메던 고스트가 간신히 찾아오나 이후 요원들로부터 습격을 받게된다

다행히 제시간에 나이오비가 구하러 오고 고스트와 나이오비는 요원을 추격으로부터 간신히 도망쳐서 현실로 돌아오는데 성공한다

그들이 가지고 온 디스크 속에는 테디우스가 기계들에 의해 사망하기전 남긴 마지막 메세지였고 그 메세지속에는 현재 기계들이 인간들의 군락 시온을 습격하기위해 준비를 하고 있으며 이 메세지를 녹음하는중에서도 계속하고 있다고 한다

저항군에게 소식을 알리기위해 공항으로 향하고 집결소식을 알린뒤 빠르게 돌아갈 예정이었으나 소렌이 이끄는 이카루스호의 일원인 엑셀이 요원들에게 납치되었다는 소식을 듣게되고 구할수 있는게 나이오비 일행뿐이었다 

엑셀을 데려가 심문을 하면 계획이 들통날것이고 그렇게 되면 시온은 끝장난다는것

다행히 고스트가 저격으로 이륙하려던 엑셀과 요원이 탄 비행기를 막고 그를 구하며 사건은 일단락 된다

저항군들이 모인 회의에서 나이오비는 테디우스가 말한 습격계획을 말하고 이들을 막기위해서는 저항군 함선들이 모두 시온으로 집결해야 한다는 말을 전한다 

그러나 말하기가 무섭게 요원들이 저항군들의 접선장소를 발견,곧바로 진압에 들어가며 저항군들은 서둘러 다시 현실로 돌아가기 위해 동문서주한다 나이오비와 고스트가 요원들에게 수세에 몰린 순간 키메이커가 그들을 프로그램과 현실의 틈새로 데려오며 위기를 넘기게 해준다

키메이커는 메로빈지언에게 잡혀사며 온갗 더미데이터와 위회프로그램을 만드는 노예로 살았지만 네오가 구원자라 믿으며 그가 소스코드로 향하는 열쇠를 만들고 그것을 나이오비와 고스트에게 주며 그에게 전해달라고 한다 

그러나 그걸 발견한 메로빈지언의 부하가 그들을 잡고 소스코드로 향하는 열쇠를 뺴앗겨 버린다 결국 메로빈지언의 저택으로 향하여 그곳을 동문서주하며 열쇠를 찾는다

이 저택은 메로빈지언이 과거 제2의 매트릭스 시절의 요원들을 자신의 부하로 만든곳으로 흡혈귀,온갗 괴물들이 판치던 곳이었다.

한편 저택을 떠돌던 고스트는 메로빈지언의 아내 페르세포네를 만나고 페르세포네는 고스트에게 진실을 알려주면 열쇠가 있는곳을 알려주겠다는 계약을 하고 고스트는 응하여 진실을 전해준다 페르세포네는 고스트가 얻을수 없는 사랑을 하고 있다고 말한다 네오를 사랑하는 트리니티를 고스트가 연모하고 있다는것

페르세포네의 도움으로 열쇠를 찾고 임무를 마치며 전쟁을 대비하기위해 시온으로 향한다 그리고 홀로 수련중이었던 고스트는 트리니티와 함께 잠시 시간을 보낸다